本项目主要依托蛋白质药物国家工程研究中心重点建设7个技术服务平台，具体如下：

1）疾病生物标志物通量化筛选验证技术服务平台。建立和完善基于新型生物质谱仪的、以单反应监测（SRM）和多反应监测（MRM）为核心的蛋白质定量分析验证技术平台，以提高疾病生物标志物通量化筛选验证能力；

（2）药物和药物靶标筛选技术服务平台。建立和完善可用于膜蛋白相互作用（药物作用主要是针对膜蛋白）的筛选技术平台、基于模式生物整体水平的RNAi干涉技术平台，以及与感染免疫等特定功能相关的蛋白质阵列和激酶分子阵列，以提高药物作用靶点的筛选和验证能力；

（3）基于蛋白质靶位的小分子药物筛选服务平台。建立“基于蛋白质功能的化学探针分析体系”，“药物亲和反应的靶点稳定性研究体系”，“基于蛋白质芯片的小分子药物筛选体系”，“定量构效关系计算与药物库筛选体系”等基于小分子药物与蛋白质靶点相互作用的新药筛选技术服务平台，利用能够与靶蛋白质发生特异性相互作用的化学小分子来探测蛋白质靶位，考察小分子药物与蛋白质靶位相互作用的特异性、亲和力等动力学特征，系统分析特定蛋白质的功能以及它们小分子的相互作用，从而准确找到药物作用靶点，并规模化筛选出可能用于临床开发的小分子药物；

（4）药物作用的快速评估平台。建立基于蛋白质组学技术的分子水平药物作用的快速评估平台。应用蛋白质组学技术可以快速发现药物对细胞内蛋白的调节和信号转导通路的变化，从而在第一时间从分子水平上预知药物的疗效和毒副作用，低消耗地快速排除成百上千的候选药物，无需再进行耗时耗资的动物实验。该平台将极大地提高药物筛选后药效验证的效率，缩短生物医药的发现和研制周期，促进侯选药物的评估；

（5）蛋白质和多肽药物结构确证与质量控制技术平台。建立通用蛋白质和多肽药物、糖蛋白药物、脂蛋白药物、融合蛋白、长效蛋白质药物、抗体药物、生物反应器药物等一般性结构确证和特殊结构分析（如各种突变、剪切、修饰、封闭、交联、双链或多链、蛋白颗粒等）及其质量控制技术平台，以提高生物药物结构确证和质量控制能力；

（6）基于模式生物的药物评估平台。建立快速提供药物靶标蛋白质（基因）缺失或RNA干扰以及组织特异性表达的小鼠模型，以验证药物的特异性，评估药物的负作用。建立系列小动物行为生理分析子平台，以支撑药物在活体内生理影响的评估；

（7）蛋白质药物药代动力学评价体系。建立符合美国FDA、欧洲EMEA GLP规范要求的规范、先进、适应、通量的蛋白质药物分析与药代动力学研究平台，以完善蛋白质药物评价体系。